A ta place je "scannerais" dans une autre session utilisateur (Tu peux utiliser Sysinternals Desktops : http://technet.microsoft.com/en-us/sysinternals/bb545027.aspx).
Comme çà, tu peux travailler dans ton desktop 1 pour ton boulot classique sans être dérangé par la fenêtre qui s'ouvrirait dans le desktop 2 (ou 3 ou 4) duquel tu as lancé ton scan. Tout le plaisir de Linux dans Windows...