/dev/sdXX fonctionne avec libata.
/dev/hdXX fonctionee avec ide.
La ligne de commande root=/dev/sda6 ne fonctionnera pas si le driver ide est chargé en premier.
Si ton initrd contient les deux drivers (ide et libata), l'ordre de chargement est imprévisible et ça peut marcher de temps en temps avec /dev/sd, et de temps en temps avec /dev/hd. Si les deux drivers sont dans le kernel, je ne suis pas sûr mais il est possible que ce soit pareil.

Un truc pour que ta ligne de commande fonctionne toujours, c'est d'utiliser root=LABEL=xxx ou root=UUID=xxx et de donner un label à ta partition root ou d'utiliser son UUID...