Ce que je veux dire, c'est que les modules des CMS créent des tables en base, où ils stockent leur configuration.
Donc si je veux déployer un nouveau module que j'ai installé en dev sur la prod, il ne suffit pas d'uploader le code source, mais aussi les modifs de base. Et ça, je ne vois pas comment, ça n'a pas l'air très documenté, ni standardisé. Souvent ce que je trouve c'est des solutions qui disent : "backup ta base de dev et importe-la sur la prod", mais à ce moment-là tu écrases tout le contenu "live" généré par les utilisateurs sur la prod, ce qui est bien entendu inadmissible !
Ce problème ne se pose pas dans un dev spécifique, puisque par définition tu connais les changements de base que tu fais, et tu les versionnes dans des scripts de migration SQL.

Pour illustrer, voici un exemple typique de solution que je veux éviter :
http://www.saintsjd.com/2011/01/continuous-deployment-for-wordpress-using-git-and-fabric/
(voir aussi les commentaires)