L'histoire de Nioh 3 débute en 1622, en pleine période d'Edo, alors que Tokugawa Takechiyo s'apprête à devenir le troisième shogun. C'est un moment solennel, empreint de responsabilités et d'attentes, mais comme souvent dans le monde de Nioh, la tragédie précède la gloire. Son jeune frère, Tokugawa Kunimatsu, rongé par l'envie et corrompu par une force obscure, fomente un coup d'État à l'aide des yōkai. La scène est brutale, soudaine, et marque le début d'un voyage qui transcende le temps et l'histoire . Quand tout semble perdu, l'esprit gardien Kusanagi intervient, sauvant Takechiyo et ouvrant un passage vers la Fosse Éternelle, un lieu hors du temps qui deviendra le quartier général du protagoniste. À partir de ce moment, le récit se déploie sur quatre époques historiques, chacune ravagée par la corruption du Creuset : les Royaumes combattants, avec l’assaut de Takeda Shingen ; l’époque Heian, où d’anciens rituels et des divinités oubliées refont surface ; l’Antiquité, où le folklore prend forme ; et le Bakumatsu. Le tout dans un futur déformé où Kunimatsu s’est proclamé shogun éternel. Chaque époque est un fragment d'un Japon en déclin, un monde où l'histoire réelle se mêle au surnaturel, où la politique s'entremêle aux tragédies familiales, et où le protagoniste est contraint d'affronter le poids du pouvoir, la trahison et la responsabilité de sauver une nation entière. Le récit ne devient jamais le point central de l'expérience, car Nioh reste fidèle à son essence, tout en parvenant à créer un contexte émotionnel plus fort que par le passé , avec des moments saisissants par leur intensité et leur capacité à entremêler histoire et folklore.