Knoppix intègre dans sa dernière version un pilote NTFS-3G, c'est toujours de la beta.
http://www.clubic.com/actualite-67623-linux-knoppix-bureau-3d-ecriture-ntfs.html

Je suis loin d'être un pro. Mais j'utilise le format FAT32 et c'est tout ce que j'ai trouvé.

Pour la limitation de taille de fichier max. Il te reste la soluce des archives splittées.