Les patches à la sauce Debian, c'est le mal.
Compiler son kernel, c'est bien.

Le message d'erreur vient sans doute du fait qu'il ne trouve pas le modules.dep dans ton initrd... Le fait qu'il soit dans ton FS ne lui sert à rien à ce stade.

Évite à tout prix l'initrd en compilant en dur le driver du rootfs qui va bien, et en précisant root=cekilfô sur la ligne de commande du boot kernel.

Dans ton cas, si le driver de ton contrôleur ET de ton file system sont en dur dans le noyau, vire le initrd.