Un problème a récemment été découvert sur l'iPhone équipé de l'OS 3.0. En effet, avec ce firmware installé, certains courriers électroniques pourtant effacés de la poubelle, continuent à être stocké dans la base de données de Spotlight, ce qui peut poser quelques problèmes de confidentialité (voire de sécurité) pour les entreprises. Apple a précisé être au courant de cet erreur, et le corrigera dans le futur OS.