Est-ce que tu es sûr que c'est la requête phpBB qui explose? J'ai eu il y a qqs années le même soucis, mais c'était interne à MySQL, en changeant une option je m'en étais sorti, mais je me souviens plus. Je me demande si c'était pas:
transaction-isolation = READ-COMMITTED

Mais faut vraiment que j'aille relire.

Tu as pas tenté de passer à MariaDB? Et t'as déjà optimisé ta config mysql je suppose?

Pour limiter le temps de ton query sinon:
SET SESSION MAX_STATEMENT_TIME=2000;

MySQL > 5.7.4

Mais je suis pas certain que ce soit ça.

Sinon, pour le blocage des pages, tu es en FastCGI, avec un certain nombre de FCGI disponibles en parallèle, le statique va passer jusqu'au moment où tout ton pool est bloqué de requêtes en attente de la réponse de la DB.