Je serais bien incapable de pondre du code, mais au cas où le joli batch de JC ne produirait pas le résultat souhaité, il y a moyen de faire ce que tu cherches (sous Win 7, en tout cas) en jouant un peu avec le soft Ant Renamer (du vénéré antp ).
Par ex.:
Tu fais une copie de ton dossier 2 vers un dossier 3 où tu remplaces (avec Ant Renamer) toutes les extensions "JPEG" par "NEF".
Tu déplaces (ou tu copies pour pas tout niquer si ça foire) tout le contenu de ton dossier 1 vers le dossier 3, mais en demandant de conserver les fichiers du même nom pour que Windows ajoute un (2) dans le nom des nouveaux fichiers en double.
Toujours avec Ant Renamer, tu fais un remplacement de chaîne (en incluant l'extension) de "(2).NEF" par ".BON" (par ex.).
Dans ton dossier tu tries par extension et tu vires tous les "NEF".
Il ne te reste plus qu'à remplacer les extensions "BON" qui sont les seuls fichiers à rester par "NEF" et le tour est joué.
Maintenant, il y a sûrement plus simple, hein.