Donc, si je comprends bien, tu as deux répertoires.
Le premier contient 3200 fichier NEF.
Le second contient 1000 fichier JPEG.
Les 1000 fichiers JPEG ont le même nom que 1000 des 3200 fichiers NEF (à l'extension près).
Tu voudrais virer les 2200 fichier NEF qui n'ont pas d'équivalent JPEG.

C'est ça?