Bon, finalement j'ai opté pour l'écriture d'un script après avoir tenté le truc DBSync. Avec DBSync pour synchroniser 2gb de tables il me fallait 2h, apparemment bien optimisé leur truc ( ), la même chose scripté en prenant compte des spécificités des modifs, ça fait une synchro différentielle en 20s.

Y a pas photo, valait mieux faire un script finalement