C'est normal que tu doives convertir ton ancienne config vers une nouvelle puisque les options ne sont pas les mêmes: p.ex. le IA32 a une option HIGHMEM et le x86_64 a une option "IA32 emulation"

Tu réponds une fois à toutes les questions par un <return> qui prend l'option par défaut puis tu refais un "make ARCH=x86_64 menuconfig" si tu veux refaire le tour des options nouvelles. Enfin tu fais ton build toujours avec le ARCH=x86_64, c'est en fait quand tu tournes déjà sur un kernel 64 bits que tu n'as plus besoin de préciser le ARCH évidemment (je vais corriger mon post initial).

Pas sûr que le ARCH soit strictement nécessaire pour l'install et le modules_install, mais il ne mange pas de pain tant que tu es sur ta config 32 bits...

Moi je n'utilise pas le mkinitrd (tout ce dont j'ai besoin pour booter est dans mon kernel), mais il ne devrait pas y avoir de problème a priori.