J'ai utilisé Sendmail, Smail, Qmail, Postfix et Exim.
Je suis resté à Exim que je trouve de loin le plus souple pour faire tout ce qu'on veut (mais je sais que je suis sur un territoire de Postfixiens acharnés )

Les folders Maildir, c'est bien si tu y accèdes en IMAP et que tu y laisses tout ton courrier (et si tes folders deviennent gros). Si c'est pour venir vider la boîte régulièrement en POP3, mbox convient très bien.

S'il te faut un serveur POP3/IMAP, Dovecot ça rule! Le UW-imapd/UW-pop3d devient merdique dès qu'il est un peu en charge. Dovecot est aussi simple à configurer que UW (à peu près rien à faire), alors que Cyrus ou Courier sont des gros bazars, très bien pour gérer des centaines de clients, mais plus difficiles à mettre en oeuvre.

Mes deux cents.